在镇上的教堂内，哈里遇到了整个事件的元凶达丽娅，她给了哈里一个名为Flauros的神秘道具，说是能帮助哈里驱逐邪恶力量。并且声称谢瑞尔已经被里世界所吞噬，哈里必须深入到黑暗的里世界才能找到自己的爱女。由于过分担心女儿现在的安全，哈里完全听信了达丽娅的谎言，被她利用。随后在医院的表里世界分别遇到了考夫曼医生和丽莎护士，得知当年丽莎护士因为把女婴偷走，考夫曼医生知道后将她杀害的事情。另外，哈里还找到了考夫曼医生隐藏的神秘药水Aglaophotis，它是从稀有的红色草本植物中提炼出来的，据说可以驱赶恶魔。在游乐场旋转木马处，利用这种红色药水驱赶出希贝尔身上附着的灵魂，也就是先前大火中逃逸的另一部分艾丽莎灵魂，达丽娅趁机抓走了艾丽莎灵魂。此时的哈里才知道自己一直被达里娅利用。为了再次举行仪式，达里娅必须找齐所有分散的艾丽莎灵魂，而艾丽莎为了保护自己，创造了里世界躲避母亲的迫害，并把一部分灵魂深藏在里面，达里娅利用哈里寻找弱点，让其进入里世界找到了那一部分灵魂。知道事情真相的哈里急忙赶到最终祭坛，但一切都已经太晚了，仪式将谢瑞尔肉体和艾丽莎灵魂合为一体，形成了完全体------白衣女子艾丽莎，达里娅称之为Mother of God。此时考夫曼医生也赶到了，因为之前他和达里娅有一个秘密协议，利用他自身的医学常识帮助达里娅提炼能麻痹人神经的药物White Claudia，借助这种药物控制小镇的居民，使教会从新在小镇中取得统治权，然后一起分享权利和Samael的力量，但达里娅并没有履行承诺，所以考夫曼医生将暗中准备的驱魔液体Aglaophotis倒在了白衣女子身上，将其身体里的怪物逼了出来，进行报复。但被考夫曼杀害而长期被困在里世界医院的丽莎也随后出现，报复性的将考夫曼也拖入了里世界的黑暗世界里。脱离母体的怪物在哈里的强力武器招呼下，不久便被哈里击败。此时的艾丽莎已经筋疲力尽，临死前将转生的女婴交给了哈里，并帮助哈里和希贝尔逃离了寂静岭。
《寂静岭》1代将Silent Hill这个小镇介绍给所有玩家认识，还将所谓的Samael教摆在了各位玩家面前，但对Samael教的教义和背景却介绍的很少，只是让玩家初窥其貌。关于Samael教到底是什么性质的教会？Mother of God到底是什么？为什么艾丽莎必须烧死才能召唤Samael？艾丽莎创造的里世界到底是什么？等等，太多的疑问没有在游戏中找到答案。而最终哈里带出来转生之婴，更是制作人员留下的一大伏笔。故事肯定还会继续，因为玩家们都期待1代所留下的疑问能够在2代中得到合理的解释，KONAMI在1代的基础上也有很多发挥空间可以利用，2代的出现也成了理所当然的事情。直到2001年9月25号，《寂静岭2》终于面世了，但是2代是完全不同于1的独立作品。直到3代的诞生，才让惦记寂静岭1故事的人们一个近乎完美的补完。
在此期间，海瑟还遇到了教会的“智囊”文森特（Vincent），在他的出谋划策下，教会日益壮大，有了自己的教堂和隶属于教会的慈善机构孤儿院（Silent hill Smile Support Society简称4S）。他是教会的功臣，但与克劳蒂娅的观点相反，他非常崇尚拜金主义，虽然也非常信奉神的存在，但主要是借助教会之名收敛钱财，他认为神降临后创建了天堂，就不能满足他的金钱欲望了，所以千方百计的破坏仪式的举行。还利用海瑟去医院找克劳蒂娅那个已经变成怪物的父亲雷纳德（Leonard），如果海瑟死了就可以直接破坏仪式，如果雷纳德死了，就可以获得The Seal Of Metatron，利用这个封印去和克劳蒂娅对抗（1代的艾丽莎就是用它与母亲达里娅抗衡的）。
随着海瑟在寂静岭四处找寻克劳蒂娅踪影，她还得知了克劳蒂娅另一个可怕的阴谋。克劳蒂娅杀了哈里，是为了使海瑟心中充满杀父仇恨，并且制造幻象使海瑟眼中把大量的教徒看成怪物，从而在不断的撕杀中激发海瑟内心的杀戮感，使海瑟体内的“神”得到良好的生长环境。克劳蒂娅认为，在血腥和仇恨中诞生的“神”绝对是最强大最完美的。了解克劳蒂娅阴谋的海瑟最终在教堂遇到了这个“虔诚”的教徒，文森特的如意算盘并没有奏效，封印没能够阻止仪式，克劳蒂娅也一刀解决了这个教会的叛徒。海瑟突然想起了父亲留给她的项链里的一颗红色药丸Aglaophotis-----1代最终逼出怪物的驱魔圣物，吃下它的海瑟吐出了一个蠕虫状的怪物-----所谓中“神”的本体，海瑟正想一脚踩死它，疯狂的克劳蒂娅将其吞食到自己的体内，但由于她不是真正的Mother of God的母体，所以变成了一个畸形的怪物，很快就被海瑟消灭了。 至此，3代完结，也将1留下的疑问基本圆满完成。
